古代から中世中期までは公会議において、中世後半以降は異端審問などで、異端宣告がしばしばなされた。現在のローマ・カトリック教会においては、「異端」を、教会法の中で、次のように定義している。
教会法によれば洗礼後、名目上キリスト教徒としてとどまりつつ意識的・意図的に神の意志に対して反対するのが異端であり、これは信仰の諸前提から誤って導き出された神学的誤謬とは区別されなければならない．（新カトリック大事典編纂委員会編、「新カトリック大事典」、1996年）
今日では異端とは客観的意義に於いては狭義のカトリック教理に反する命題、又主観的意義に於いてはかかる命題の容認、或る天啓的信仰事項として（fide divina）、又は公教的信仰事項として（fide catholica）信ずべき真理の頑固な否定、または真剣な懐疑を指す（教会法 1325条2項）．（上智大学,独逸ヘルデル書肆共編 、「カトリック大辞典」、1940-1942年）
宗教改革以降のプロテスタント教会でも歴史的に教会会議で異端の排斥を決議したことがある。ルター派とカトリックのアウグスブルクの和議では改革派が、改革派のドルトレヒト会議ではアルミニウス主義が異端として退けられた。
カルヴァン（改革派）も、ヴィエンヌ宗教裁判でその血液循環説でしられるスペイン人のミカエル・セルヴェトゥスを異端として告発したことは有名。セルヴェトゥスは、数学者、解剖学者、医学者で多くの神学論文を著した人文主義者でもあり、三位一体論を否定してリヨンの異端審問所でカトリックから異端判決を受けた後に脱獄、ジュネーヴで捕縛され、カルヴァンの告発により、当時の異端者処刑の通例に従い火刑に処せられた。
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今日、プロテスタント教会で「異端」を定義する根拠は、再洗礼派やアルミニウス主義をとる諸教派やルター派や改革派などが超教派の立場から共有できる、ニカイア信条、ニカイア・コンスタンティノポリス信条、カルケドン信条、使徒信条など基本信条からの逸脱である。しかし、それらとの合致が自派の正統性の根拠であると具体的に強く意識していない教会や信徒によっては、単にプロテスタンティズムに反するに過ぎない「聖書のみに基づく信仰からの逸脱」、また、暴力的であるなど明らかな反社会的運動、牧師が教祖的になる、あるいは高額な献金を強要する、継続的に聖書以外からの教義を説教をする、など、本来はカルトの定義に相応しいものが異端の定義であるかのように捉えられている。これは、明らかな聖書からの逸脱であり異端であると今日の彼等が意識するものの代表例が、モルモン教（末日聖徒イエス・キリスト教会）、エホバの証人、統一協会等であり、これらが異端であると同時に破壊的カルトでもあると認識されていることにより、両概念の定義に混同が発生しているものである。